水中的病毒有肠道病毒(包括脊髓灰质炎病毒和其他肠道病毒)、肝炎病毒、冠状病毒、SARS冠状病毒。
肠道病毒引起的临床表现复杂多变，同型病毒可引起不同的症侯，而不同型的病毒又可引起相似的临床表现。一般症候有以下几种：无菌性脑膜炎、脑炎;急性心肌炎和心包炎;流行性胸痛;疱疹性咽峡炎;出疹性疾病;呼吸道感染;小儿腹泻等。
病毒性肝炎一般可分为甲型肝炎(传染性肝炎或短潜伏期肝炎)和乙型肝炎(血清性肝炎或潜伏期肝炎)，两者病理变化和临床表现基本相同。主要临床症状有食欲减退、恶心、上腹部不适(或肝区痛)、乏力等，部分病人有黄疽和发热，多数肝脏肿大，伴有肝功能损害。甲型肝炎病毒( hepatitis A virus,HAV)是一种形态上显着区别于同族其他成员的细小核糖核酸病毒。
1981年归类为肠道病毒属72型。最近由于它在许多方面的特征与肠道病毒有所不同而归人嗜肝RNA病毒(Hepamavirus)科。甲型肝炎病毒主要从粪便排出体外，经口传染。水源或食物被污染后，可能引起爆发性流行。肝炎病毒对一般化学消毒剂的抵抗力强，在干燥或冰冻环境下能生存数月或数年。以紫外线照射1h或蒸煮30min以上可灭活。加氯消毒有一定的灭活作用。
轮状病毒主要通过口-粪途径传播，可经饮用或进食受污染的饮水或食物、或接触受污染的对象传播。1981年美国科罗拉多州发生的轮状病毒病的暴发与市政供水的污染有关。1982年以来，中国发生了几次感染数百人的B族轮状病毒大暴发，其原因是饮用水被污水污染。2002年底在我国广东省发现首例严重急性呼吸道综合征(severe acute respiratory syndrome, SARS,俗称非典型性肺炎)患者，截至2003年6月SARS已经波及到380个国家和地区，总发病8000余例，死亡800多人。该病患者初期通常有高于38℃的发热，并会伴有寒颤，或者头痛、倦怠和肌痛，后期表现为干咳无痰，呼吸困难。该病传播途径以近距离飞沫传播为主，同时可以通过手接触呼吸道分泌物经口、鼻、眼传播。
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