中医认为，黄连素性凉，能清除邪热或虚热，清除有害毒物，自古以来就是中医手中的一味清热解毒良药。通常每次口服0.1~0.5克，每日三次。黄连素又称小蘖碱，药理研究表明，其对痢疾杆菌、肺炎双球菌、金黄色葡萄球菌、伤寒杆菌及阿米巴原虫有抑制作用，多用于治疗急性肠炎、胃肠炎、细菌性痢疾等，经临床观察发现，其也有许多新用途。
复发性口腔溃疡：漱口后将黄连素敷在溃疡面上，每日3～4次，疗程不超过4日；或取黄连素片3克、冰片1克，共研细末，与猪胆汁调匀，每次漱口后外搽患处，早、晚各1次。
小儿痄腮：黄连素5片，研为细末，加大黄末10克，调匀，清水适量调为稀糊状外敷双足心涌泉穴，每日换药1～2次，连用3～5天。
小儿痱疮：黄连素片1克，溶入300毫升温水中洗浴，每日早晚各1次，连用3～5天。
婴儿湿疹：用黄连素10片、青黛10克、枯矾10克、冰片3.5克、强的松150毫克，共研细末，加雪花膏拌匀制成100克备用。使用时外搽，每天2～3次。
治小儿疖肿：黄连素5片，研为细末，加大黄末、蒲黄末、水飞硫磺各5克，调匀，用清水调为稀糊状，外涂患处，每日3～5次。
化脓性中耳炎：用黄连素配成的滴耳液，加0.2毫升消痔灵注射液混匀滴耳，每日5～6次，连用5～7天。
褥疮：创面周围皮肤常规消毒，无菌生理盐水冲洗创面后拭干。将无糖衣的黄连素片研成粉末，加盐酸环丙沙星注射液调成软膏状(用量每平方厘米创面用黄连素0.1克、盐酸环丙沙星注射液0.5毫升)，常规消毒创面周围皮肤，用生理盐水清洗创面，去除创面坏死组织，擦干，每日两次；渗出物多时，夜间加1次。创面可用无菌纱布覆盖。保持创面干燥，避免大小便污染。7天为1疗程。
小儿脓疱疮：取黄连素10片，溶于200毫升开水中，较大的脓疱可用注射器抽液，去掉表皮，再用黄连素溶液洗患处，每日2次，然后用黄连素溶液湿敷，每日2～3次，连用2～3天。
溃疡性结肠炎：将黄连素研为细末，用蒸馏水制成0.2%的水溶液，每次取100毫升加锡类散0.6克，加温至38℃，保留灌肠2小时以上，每晚1次，14日为1疗程，连用1～2个疗程。
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