其应用广泛，张仲景《伤寒杂病论》中用大黄治疗范围涉及血证、痰饮、解毒、泻火、清热、导滞、攻积及通宣气机等方面。张从正主张“汗、吐、下”，认为“陈莝去而肠胃洁，瘕瘕尽而营卫昌，不补之中有真补存焉”，在其所著《儒门事亲》中，用单味大黄治妇人血枯，芎黄汤治头目眩晕，夺命散治小儿胸膈喘满，八正散泄热利尿等。明朝吴有性提出“温病下不厌早”观点”，把大黄的临床应用推向了新的阶段，“承气本为逐邪而设，而非专为结粪而设也”，“三承气汤的功效皆在大黄，余皆治标之品”。
大黄能防治急性传染病。吴又可撰写《温疫论》，首创治疫两法——“达原”和“逐邪”。吴又可用攻下逐邪的关键在于峻猛而尽除，他主张“急证急攻”，“因证数攻”，“凡下，不以数计”，对于可下之证应“下之”、“再下之”，直至邪尽。祛邪清热主用大黄，但吴氏用下法并不盲投，“要谅人之虚实，度邪之轻重缓急，察病之缓急，揣邪气离膜原之多寡，然后药不空投，投药无太过不及之弊”。能用大黄，诚非难事，然面对复杂病情，临证毅然不移，当需阅历。如瘟疫，必舌黄胸痞，不甚拒按，面色亦带黑滞，所下如胶似漆。
大黄还是重要的止血药。有人治疗大衄血案，77岁高龄大黄重用至60克，釜底抽薪，服一剂，半夜血止。南京中医药大学黄煌总结大黄药证是“痛而秘，烦而热，滑而实”，大多体格健壮，口燥舌黄。大黄功效卓著，用之中的，每获捷效，然性味苦寒，沉降而又峻猛，用之不慎又每易伤正，故对素体阳虚、体弱、老人、心肝肾肺慢性病者慎用;阴证、虚寒证禁用;对于内真寒外假热证尤其慎重。
大黄常用于腹痛拒按的疾病。腹痛为临床常见症状，腹痛拒按者多为急性腹痛，多见于急性胰腺炎、胆囊炎、胆石症、急性阑尾炎、肠梗阻、急性腹膜炎等疾病。
大黄用于痈疽疔疮由来已久，张锡纯《医学衷中参西录》记载：“一少妇，得一奇疾，背肿痛，若有一丝着身，即觉热不能忍，只得赤身卧帐中。后有乘船自南方赴京考试者，通医术，言系热毒，用大黄十斤，煎汤十斤，放量饮之，数时饮尽，竟霍然而愈。”痈疽肿毒除内服大黄外，还可用大黄粉外敷。
用药指征：大黄苦寒，泻热毒、破积滞、行瘀血为其专长，为通腑攻下之要药。故凡属里、实、热、阳证，均为大黄适应证。具体临床表现为：全身症状多有高热，咽干舌燥，渴思冷饮，不欲食，面红目赤;神志状态可见烦躁，谵语或昏迷;胸满、喘促、痰多、腹胀或（和）腹痛拒按;小便短赤、灼热，大便秘结、不爽或自利清水;舌质红、绛，苔黄、厚、燥甚至起刺;脉大、滑数或沉实等。
中医用大黄非常重视舌苔。《伤寒论》承气汤证有“口干燥”、“口燥咽干”，大陷胸汤证有“舌上燥而渴”，以及《金匮要略》有“舌黄未去者，下之黄自去”的记载，可见张仲景使用大黄的舌象是口燥舌黄。明代温病大家吴有性，用大黄量大次频，往往一下再下，以祛邪务尽。其诊舌是十分重视的，适用大黄的舌苔多呈黄苔，或黄腻苔，或焦黄苔。叶天士提出“或黄苔或如沉香色或灰黄色或中有断纹”者均可用大黄。吴瑭提出脉象沉数有力，也为应用大黄之指征。
剂量裁定：大黄攻补取决于用量的大小，小剂量以“补”为主，大剂量以“攻”为主。大黄小剂量（3克以下）有健胃助消化作用;中等剂量（1～2克大黄粉冲服或6～12克煎服）有缓泻、逐瘀作用;大剂量（15～30克）其通泻攻逐之力颇强。研究表明，大黄含有两种相反的成分——蒽醌衍生物的甙类和鞣酸及其相关物质。前者能刺激肠蠕动而导致泻下，后者有收敛作用而能止泻。大黄在生用、大量、短煎的情况下有泻下性能，但在制用、小量、久煎的情况下，泻下性能减弱，同时出现止泻性能。近年来，有不少报道用大剂量大黄（一般用30克，多达100～200克，甚至有重用500克的个案，均为汤剂）治疗急性胆囊炎、出血性坏死性肠炎、流行性出血热、急性胰腺炎及急性黄疸型肝炎等疾病，取得了明显的疗效、未发生明显的毒性反应。
治疗年轻力盛的狂证，每剂用量150克以上，多者达240克;对青壮年妇女不孕、痛经、月经不调和跌仆损伤症，每剂用量90～150克;痈疮、疥肿瘟毒每剂用量50～100克;小儿惊风、胎毒、衄血等每剂用量5～15克。临证几十年来，这种超常规的使用尚未见一例因重用大黄而致病情加重或致伤残事故，反而屡收良效。凡中青年病人，属实、热证，是大黄适应证，可放胆用之。年轻而体弱患者，若无心肝肾等慢性病，可酌情减量。
使用注意：大黄功效卓著，用之中的，每获捷效，然性味苦寒，沉降而峻猛，用之不慎又每易伤正。归纳起来，以下5种情况大黄禁用：1.太阳病禁用：病在表，因势利导，当发汗祛邪，误用大黄，引邪内陷，必生变症。但表证兼里实者例外。2.少阳病禁用：邪在少阳，法当和解。但少阳病兼里实证，可用大黄。3.呕吐禁用：吐虽为病态，但有时是正气祛邪于上的表现，亦当因势利导，应用催吐剂，使“病在上者，因而越之”，绝不可用大黄。但呕吐因胃火肠实者可用大黄。4.虚寒证禁用：虚寒证候，脏气虚衰，阴寒内盛，不耐攻伐，故不可用大黄。但虚中夹实，寒实内结者，虚则当补，寒则当温，结实者当攻，数法结合，灵活变通，又当采用大黄。5.津伤血虚证禁用：虚者补之，实者泻之，百病皆然，故津血虚损，大法当补，误用大黄，使虚者更虚，医之过也。若津伤血枯不能濡润，肠腑不通，大便不行，虽应“增水行舟”以治本，亦可稍通腑气以治标，故生津养血方可少佐大黄。
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