苍耳子可用于风寒头痛、鼻渊流涕、风疹瘙痒、湿痹拘挛等病。
现代药理研究表明，苍耳子含苍耳子甙，叶含苍耳醇、异苍耳醇、苍耳酯等。苍耳子体外试验对金黄色葡萄球菌有抑制作用。苍耳子酊剂能增强青蛙的呼吸运动，大剂量则抑制呼吸。
苍耳子临床上还有多种功效，但本药有毒，务必慎用：
治慢性鼻炎：苍耳子160克，辛夷16克，麻油1000毫升。先将麻油温热后加入已打碎的苍耳子和辛夷，浸泡24小时后，再用文火熬煮至沸，待麻油熬至约800毫升左右，冷却、过滤，装瓶备用。每天滴鼻3次，每次两滴。
治疟疾：鲜苍耳子100克，洗净捣烂，加水煎15分钟去渣，打入鸡蛋2~3个，煮熟，在发作前将药液与鸡蛋同服。可连服2~5剂。
治急性乳腺炎：用苍耳子7~8粒，放于碗内，倒入烧开的黄豆汁一碗，喝汤。
治牙痛：苍耳子6克，焙焦去壳，研成细末，与一个鸡蛋和匀，不放油盐，炒熟食之，每日一剂，连服3剂。
治下肢溃疡：苍耳子60~120克，炒黄研末，生猪板油120~180克，共捣如泥糊状，洗净疮面，擦干后涂药糊，外用绷带包扎。
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